W 1992 r. odbyło się w Lublinie spotkanie geografów zajmujących transportem i łącznością. Wówczas z inicjatywy prof. Krystyny Warakomskiej zgłoszono do Zarządu Głównego PTG inicjatywę powołania Komisji Geografii Komunikacji. Jej ukonstytuowanie nastąpiło w 1994 r. podczas konferencji w Polańczyku. Pierwszym Przewodniczącym Komisji został prof. Teofil Lijewski z Instytutu Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania Polskiej Akademii Nauk w Warszawie. Uczestnicy zebrania w Polańczyku postulowali odbywanie stałych, najlepiej dorocznych spotkań naukowych, które umożliwią ściślejszą integrację środowiska poprzez wymianę poglądów, doświadczeń, publikacji i wyników badań.
Efektem spotkań geografów transportu było powstanie serii wydawniczej pt. Prace Komisji Geografii Komunikacji PTG, ukazujących się regularnie w latach 1996-2011 przy znaczącym zaangażowaniu prof. Jerzego Kitowskiego z Uniwersytetu Rzeszowskiego, który przejął przewodniczenie Komisji Geografii Komunikacji po prof. Teofilu Lijewskim. W ostatnich latach, poza prof. Jerzym Kitowskim, znaczny wkład w pracę Komisji wnieśli pozostali członkowie Zarządu, prof. Stanisław Koziarski z Uniwersytetu Opolskiego i prof. Tomasz Komornicki z Instytutu Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania PAN w Warszawie.
W kwietniu 2016 r. prawomocnie wybrano nowe władze Komisji Geografii Komunikacji PTG. Przewodniczącym został dr Arkadiusz Kołoś z Uniwersytetu Jagiellońskiego, Sekretarzem dr Marcin Połom z Uniwersytetu Gdańskiego, a Członkiem Zarządu prof. Tomasz Komornicki z Instytutu Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania PAN w Warszawie. Zebranie ogólne Członków Komisji, które odbyło się w 2016 r. w Gdańsku zdecydowało o corocznej organizacji konferencji tematycznej w Gdańsku oraz na temat wznowienia wydawania Prac Komisji Geografii Komunikacji PTG w formule kwartalnika naukowego (w wersji cyfrowej i drukowanej). Od 2016 r. Komisja Geografii Komunikacji PTG wspólnie z Katedrą Geografii Rozwoju Regionalnego Uniwersytetu Gdańskiego wydaje Prace Komisji Geografii Komunikacji PTG, które publikowane są na Portalu Czasopism Naukowych Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie.